W roku 1994 została utworzona Katedra Kultury Fizycznej na początku której funkcjonowania naukowo – dydaktyczną kadrę stanowili samodzielni pracownicy Akademii Wychowania Fizycznego im. Jędrzeja Śniadeckiego w Gdańsku i Akademii Medycznej w Bydgoszczy oraz pracownicy dydaktyczni istniejącego od roku 1983 Fakultetu Wychowania Fizycznego Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Bydgoszczy. Władze obu uczelni, tj. Rektor AWF w Gdańsku prof. dr hab. Zbigniew Mroczyński oraz Rektor WSP w Bydgoszczy prof. dr hab. Andrzej Tchorzewski podpisali bezterminową umowę o współpracy w zakresie kształcenia na kierunku wychowania fizycznego. Z upływem czasu Katedra Kultury Fizycznej zaczęła funkcjonować w oparciu własną kadrę naukowo-dydaktyczną. Pierwszym kierownikiem Katedry został prof. dr hab. Zbigniew Mroczyński, który funkcję tę pełnił do końca roku akademickiego 2000/2001. Z  dniem 01 listopada 2001 roku, na stanowisko to został powołany dr hab. Andrzej M. Michalski prof. nadzw., który funkcję kierownika Katedry Kultury Fizycznej pełnił do końca roku akademickiego  2004/2005. W roku akademickim 2005/2006 kierownikiem KKF został  dr Marek Napierała. Od roku akademickiego 2006/2007 funkcję tę pełnił dr Mariusz Zasada. W  2009 roku Katedra Kultury Fizycznej została przekształcona w Instytut Kultury Fizycznej, której dyrektorem został dr hab. Mariusz Zasada prof. nadzw. a z-cą dyrektora dr Wiesława Pilewska. Od 20.06.2013 do końca 2016 roku funkcję Dyrektora IKF pełnił dr hab. Radosław Muszkieta, prof. nadzw., a funkcje z-cy dyrektora dr Hanna Żukowska. Od 1 stycznia do 30 września 2016 roku obowiązki Dyrektora Instytutu pełniła dr Wiesława Pilewska. 1 października 2016 r. na stanowisko Dyrektora IKF został powołany dr hab. Mariusz Zasada prof. nadzw. a na jego zastępcę dr Wiesława Pilewska.